Jegliche angegebene Daten zur Registrierung eines ESTAs werden solange auf www.estaregistrierung.org gespeichert, bis die Genehmigung erteilt wurde und an den Antragsteller per E-Mail übermittelt wurde. Danach werden die Informationen und Daten automatisch aus dem System gelöscht.
Die Daten werden zur Genehmigung an das amerikanische Heimatschutzministerium DHS weitergeleitet, und bleiben für die zwei Jahre Gültigkeit oder bis der Reisepass des Reisenden abläuft aktiv im System gespeichert. Das DHS behält die Informationen des Reisenden nach Ablauf dieser Zeit nochmals für ein Jahr plus weitere 12 Jahren, um diese im Falle einer Strafverfolgung, der nationalen Sicherheit oder einer Ermittlung vorlegen zu können. Nach dieser Archivierungszeit sind die Daten nur noch einer begrenzten Anzahl von befugten Beamten zugänglich und müssen im Einklang mit den CBP-Grenzschutzbefugnissen und –mission aufbewahrt werden. Sollte ein Suchbefehl im Rahmen einer Strafverfolgung oder Ermittlung auf den Besitzer einer Reisegenehmigung ausgeschrieben sein, muss die ESTA-Genehmigung für die gesamte Dauer des Prozesses zugänglich sein.